一是黑箱法。把电脑看作是存贮和处理数据的不透明的工具，仅仅检查输入数据和输出数据的正确性与否，而不理会其中间的处理过程，这种方法称为“黑箱法”。主要以“查、算、看、问”的方式进行。
①对输入电脑的凭证的完整性、合规性、合法性进行检查，将有关凭证与打印输出的流水账数据进行勾对，并对有关账、簿的设置和登记情况进行检查；
②对需检查的账务和利息收付，以用手工重新发生、复算的方式进行验证；
③检查日常电脑操作及账务处理是否规范，看章、证及会计档案的管理是否符合会计制度的规定，看营业用机的外部环境是否安全可靠；
④根据各类人员的岗位职责、工作规程及其它有关规定，分别向有关人员提出如操作程序、发生问题的处理方法等方面的问题，让其回答，以了解执行各项制度和有关操作规程的情况，处理问意的方法是否合规、合法。
二是白箱法。就是在黑箱法的基础上，增加了直接检查电脑系统、程序和数据处理过程的方法。这种方法不像黑箱法那样，将电脑视为黑箱，置数据处理过程于不顾，而是通过采取多种方法，包括采用专用的计算机审计软件等方法，深入电脑系统内部，对具体数据处理过程直接进行审查，即对输入数据、中间处理过程和输出数据的全过程进行审计。
