明朝士大夫群体基本可以分为正统与非正统两大分野。此外正统与非正统之分主要指生活道路和思想状态。生活道路上的正统派指那些走着唐宋以来科举仕途老路的群体;思想上的正统则或是信仰程朱,或是信仰陆、王之学的人士。非正统一流有不少也是仕途中人,区别是他们不只在官场中兜圈子,而是把注意力集中到当时的生产科技及其他有关国计民生的事业上去;还有一些文人处在下层,但不少了不起的文学、科技名著都完成于他们的手中。思想的非正统往往是把正统的思想推进一步达到的,典型的如王学左派。而发展到中晚期,异端思想激荡在思想文学各个方面。一般而言,道德意识浓重而又伴随着异端思想澎湃,是明代思想文化的明显特征。
明朝的学术活动以王阳明的心学员为著名。他提出了‘宇宙便是吾心”和“知行合一”的观点,认为只要注意自己的内心修养,即可达到“与天地万物为一体”的境界。王阳明的学说到李贽那里,就变成以“童心”冲决礼法,再发展到颜山农、何心隐,其处世的狂放简直就被当时目为“快”、“贼”一流了。