（1）佛教是社会科学，是人学，是人生哲学，是生活哲学。佛教的主要对象是人，是人的精神属性，而自然科学的主要对象是自然界，是物质。
（2）自然科学所关注、所研究的是有形的物质，采取的是实验的研究方法。佛教的研究对象有物质的和非物质的两种，对物质方面的研究方法与自然科学有所不同，但也不排斥自然科学的实验方法。佛教的天文学、物质结构论、万物无常观、因果观、相对论等在现代科学研究中得到了实验证明，特别是在原子世界量子场研究中，佛教的哲学观点得到了高度的评价。
在精神世界的研究方面，佛教与哲学有许多相似和相同点，主要使用思辨推理和自证经验两种方法，与自然科学没有可比性。
从涵括的范围讲，佛教是包罗万象的学问：大至宇宙无量世界，小至基本粒子结构，从有形的现象世界到无形的理念世界，从数学、天文、物理、化学、生理学、心理学、生命学等自然科学，到文学、历史、哲学、伦理、道德、政治、经济、文化、教育、语言文字学等社会科学应有尽有，样样俱全。
因此，自然科学被包括在佛教内，佛教中的自然科学部分，也可以包括在自然科学的范畴之内。
佛教不同于自然科学的最大特点是：把物质和精神，即五蕴，作为一个不可分割的整体来看待，并不像西方哲学那样，物质和精神截然分开，要么否定物质，肯定绝对精神，要么肯定物质第一，否定精神的主体作用。中观哲学是一种客观的哲学，它把物质和精神看做是对立的统一体，小至人体，大至宇宙都是互为前提、互相关联的精神和物质的统一体，是众缘和合之存在。物质和精神截然分离的观点，不但从社会科学的观点看是错误的，就从自然科学量子场和粒子物理的研究证明也是不符合客观存在的。
