1）主要不良反应是自发性出血，表现出各种粘膜出血、关节腔积血和伤口出血等。应仔细观察病人，控制剂量及监测凝血时间或部分凝血活素时间（aPTT），使aPTT维持在正常值（50-80s）的1.5-2.5倍，可减少这种危险；
2）老年妇女和肾衰竭的病人常致出血。肝素轻度过量，停药即可，如严重出血，可缓慢静脉注射硫酸鱼精蛋白解救。每1.0-1.5mg的鱼精蛋白可使100U的肝素失活，但每次剂量不可超过50mg；
3）偶有过敏反应，如哮喘、荨麻疹、结膜炎和发热等；
4）长期应用可致骨质疏松和骨折；
5）还可发生短暂性的血小板减少症；
6）孕妇应用可致早产及死胎。
