我们已经知道，土壤不仅为植物提供必需的营养和水分，而且也是其它生物赖以生存的栖息场所。土壤的形成从开始就与生物活动密不可分。土壤无论对植物还是其它生物都是重要的生态因子。植物的根系与土壤有着极大的接触面，在植物和土壤之间进行着频繁的物质交换，彼此有着强烈影响，因此通过控制土壤因素就可影响植物的生长和产量。对动物来说，土壤是比大气环境更为稳定的生活环境，其温度和湿度的变化幅度要小得多，因此土壤常常成为动物的极好隐蔽所，在土壤中可以躲避高温、干燥、大风和阳光直射。
土壤是所有陆地生态系统的基底或基础，土壤中的生物活动不仅影响着土壤本身，而且也影响着土壤上面的生物群落，生态系统中的很多重要过程都是在土壤中进行的，其中特别是分解和固氮过程：生物遗体只有通过分解过程才能转化为腐殖质和矿化为可被植物再利用的营养物质，而固氮过程则是土壤氮肥的主要来源。这两个过程都是整个生物圈物质循环所不可缺少的过程。
土壤中生活着丰富的微生物类群，是一个重要的地下生物宝库。土壤微生物是土壤中的主要分解者，对环境起着天然的“过滤”和“净化”作用，在自然生态系统的功能发挥和维持能力方面极其重要。植物、土壤和微生物相互作用，构成了一个植物-土壤-微生物的有机整体。土壤微生物多样性代表着微生物群落的稳定性，植被的破坏可直接导致土壤微生物多样性的丧失，而土壤微生物对植物物种多样性的维持又具有重要作用。
