《琵琶记》的思想内涵比较复杂，它通过蔡伯喈、赵五娘的家庭悲剧，抨击了封建社会科举制度的毒害和上层统治者的专横。剧中蔡伯喈新婚不久便在父亲言命下赴京赶考，因为当时的社会风尚以追求功名作为孝顺父母的尺度，蔡公要儿子立身扬名、荣宗耀祖也是出于这种观念。但是蔡公没有料到，儿子的及第却给全家带来了一场灾难，作者借蔡伯喈之口抒发了这样的感慨：“可惜二亲饥寒死，博换得孩儿名利归；“毕竟是文章误我，我误妻房”。
然而蔡家的悲剧的成因，并不只是科举带来的危害，更有来自于上层社会当权者对读书人命运和人性尊严的践踏。剧中通过对蔡伯喈的“三辞三不从”的生动描写，把矛头直指皇帝、丞相，显然这些上层统治者才是造成百姓苦难的元凶。
《琵琶记》虽然在很大程度上对封建制度以及统治者进形了批判，但是包含了一些封建教化思想。
剧中赵五娘是一个贤孝的妇女典型，作者塑造这一人物是集中了我国古代劳动妇女勤劳善良、贤良淑惠、坚韧顽强、自我牺牲的传统美德，安排了许多赵五娘恪尽孝道的情节，如糟糠自咽、剪发卖钱、十指染血、安葬公婆等，体现了作者试图宣扬一种封建伦理的道德观念。
