（1）革兰染色阴性杆菌：常见为大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌，其次为克雷伯菌、肠杆菌等。该类感染一般比较严重，可出现三低现象（低温、低白细胞、低血压），较易发生感染性休克。
（2）革兰染色阳性球菌：金黄葡萄球菌感染倾向于血液扩散，可形成转移性脓肿。表皮葡萄球菌感染发病率明显增高。肠球菌感染一般耐药性较强。
（3）无芽胞厌氧菌：无芽胞厌氧菌普通细菌培养无法检出，近代由于厌氧培养技术的提高，发现腹腔肿、阑尾脓肿、肛旁脓肿、隆胸、脑脓肿、会阴部感染等，均常含有厌氧菌。常见的无芽胞厌氧菌有拟杆菌、梭状杆菌、厌氧葡萄球菌和厌氧链球菌。
（4）真菌：外科真菌感染以白假丝酵母菌、曲霉、毛霉、新型隐球菌等为常见，属于条件性感染：
①长期使用广谱抗生素，可造成一般细菌感染后的二重感染。
②重病者使用免疫抑制剂、激素等，使免疫功能降低，易致真菌感染。
③长期流置静脉导管。真菌可经血行扩散，一般血培养不易发现，易漏诊或误诊。真菌感染后易导致血管栓塞和组织进行性坏死。
