自然地理要素之间的相互作用、相互联系是非常紧密的，形成一个有机的整体——自然地理系统（自然地理环境整体）。在这个系统（整体）中，要素之间的联系方式多样，具有许多特点：比如，要素间联系方式的多样性，决定了自然地理环境结构的多样性，产生了不同的结构模式；要素间相互联系在一定条件通过中介环节来实现，如土壤与植物的关系，是通过根系吸收水分和植物枯枝落叶的分解来完成；要素间联系的紧密程度并不是绝对一致的，通常可分为：基本组分大气，水，土，微生物，植物，母质；和非基本组分：动物。
概括起来，自然地理环境要素之间的相互关系表现为以下两个方面：
1）整体效应：包括部分的整体效应和要素的整体效应。
一个自然环境要素和其它环境要素之间的相互联系，是不间断地进行着，任何一个要素的变化都会影响到其它要素的变化，最终影响整个环境的变化，形成了要素的整体效应。
对于一个较大的自然环境整体（系统），其内部由一些小的自然环境系统（也叫部分）所构成，这些部分的变化，同样也要影响到其它部分，甚至整个系统的变化，这种影响叫部分的整体效应。
在整个黄土高原中，森林草地系统（相当于植被要素）是一个关键因素，对植被的破坏，加快了水土流失的过程，首先影响到地貌的变化；同时植被的破坏使气候变干，暴雨增加，也影响到气候的变化，进而影响到水文状况的改变；这些变化反过来又使植被生长环境更加严酷，植被生长受到影响，形成连锁反应。最终结果造成整个黄土高原生态环境的破坏。
在整个黄土高原中，每个区域，每个流域都是其组成部分和细胞，这些区域环境的恶化，造成气候的变化，会波及到其它区域，使整个黄土高原水土流失加剧，生态环境恶化。
2）制约关系：各组分相互作用过程中，相互依赖，相互制约，任何一个组分变化对其它要素、甚至整个系统的变化的影响，都要受到其它要素或者整个环境的制约，使这种影响机制有规律可循，有章法可依。
比如，前述黄土高原中的影响机制中，植被对地貌和气候的影响，不是想多大就多大（漫无章法）的，也要受到地貌和气候对植被的制约作用，使植被朝适合本地区特点的方向发展。同时植被的变化还要受到更大范围环境背景的控制。黄土高原水土保持中，刺槐是一个较为理想的水保先锋树种，对水土流失具有明显的抑制作用，但刺槐一般生长30年左右后，就会出现树顶干枯或树木枯死的现象，其实主要原因就是当地半干旱气候的制约作用影响所致。
