基质消毒的方法有三种。
（1）蒸汽消毒：将基质装入容器内，用通气管通入蒸汽密闭，在70～90℃条件下持续15～30min。
（2）化学药品消毒
①甲醛（福尔马林）将40％的甲醛原液稀释成50倍液，按每400～500mg/m3药液均匀喷洒在基质中，用塑料薄膜覆盖24h以上，使用前揭去薄膜风干1周左右，可以杀死各种病菌。
②氯化苦将基质堆成30cm厚，每隔20～30cm向基质内注入3～5mL药液，并堵塞注射孔，然后覆盖塑料薄膜，在15～20℃条件下熏蒸7～8d，使用前风干7～8d，可以杀死基质中的线虫及其他害虫和杂草种子。
③溴化钾溴化钾是相当有效的药剂，能有效地杀死大多数线虫等害虫、杂草种子和一些真菌。施用时将基质堆起，然后用塑料管将药液混匀喷注到基质上，用量一般为每立方米基质100～150g。混匀后用薄膜覆盖密封5～7d，使用前要晾晒7～10d。
④漂白粉该消毒剂尤其适用于砾石、沙子消毒。一般在水池中配制0.3%～1%的药液，浸泡基质半小时以上，最后用清水冲洗，消除残留氯。此法简便声速迅速，短时间就能完成。
⑤威百亩是一种水溶性熏蒸剂，对线虫、杂草等具有杀伤力，施用时1L威百亩加入10-15L水稀释，喷洒表面，密闭2周。
（3）太阳能消毒：利用太阳能消毒是一种廉价、安全、简单实用的基质消毒方法。具体方法是：夏季高温季节在温室或大棚中，把基质喷湿，使其含水量达80%，然后堆成20～25cm厚的堆，上用塑料薄膜密封，暴晒10～15d，消毒效果良好。
