⑴部分农村贫困人口还没有被纳入农村社会保障网，纳入保障网的农村贫困人口享受的保障待遇水平还较低；
⑵经济发展水平不同的地区，农村社会保障发展的程度存在很大差异；
⑶在农村经济和社会迅速发展的情况下，农村迫切需要的社会养老保险和社会医疗保险却发展缓慢和出现大幅度的萎缩；
⑷在农村乡镇企业迅速发展，国民经济“三分天下而有其一”的情况下，这种特殊形式企业的社会保险如何建立还不明确；
⑸进城务工经商的农民工还不能享受社会保险；
⑹国家对农村社会保障投入较少。
另外，还存在一些深层次的问题：城乡、地区之间社会保障发展不平衡；农村社会保障缺乏制度化；工业化、城市化带来的非农人口的社会保障问题；土地保障妨碍农村的现代化。
