（1）农业市场功能缺陷。市场机制对农产品、服务可以起到资源配置自发性调节作用。但是，由于追求利润的最大化，可能造成农产品奇多、奇缺的现象，特别是对于农业公共物品的供给，可能因回收期长而市场回避，造成经济效益、生态效益和社会效益的不统一。
（2）农业市场竞争失灵。在市场竞争中，由于价值规律的作用导致垄断，过分垄断导致了市场机制的作用下降，效率下降，市场竞争失灵。宏观调控的作用主要是支持发展，打破垄断。
（3）农民收入分配不公。造成农民收入不公的主要原因有三个：由于历史的原因、政策的原因、工作的原因，所造成的区域性发展的不平衡，使得农民收入分配不公；由于自然资源分布，自然环境变化，因社会性原因造成土地、水资源的重新分配造成农民分配不公；因市场原因，比如市场价格的不稳定，可能造成部分农民收入的不稳定，甚至减少收入。因为农产品生产周期长，当发现价格下降时，农民已经无法挽回，从而，农民造成了损失。原则上的“平等、公平、公正和等价交换”，在市场运作时，可能因市场的自发调节而偏离。
（4）市场调节的盲目性。市场在自我调节中，往往是瞬间完成的，而产品的生产则是一个较长的过程，实际上，市场主体在市场中经常处于被动地位。而市场的未来发展又往往难以捉摸，所以市场主体市场行为的局限性和盲目性是难免的。
