质量体系的运行是执行质量体系文件，实现质量体系要素要求和为保持质量体系持续有效而对其进行不断优化的动态过程。施工承包企业质量体系的有效运行应取决于组织协调 、质量监督、信息管理以及质量体系的前期审核和管理评审等一系列工作的实际开展状况。
A、组织协调
质量体系的建立与贯彻执行均有赖于“人”，为使质量体系的实施工作落到实处。真正发挥其应有作用，企业主要领导必须新自主持质量体系机制及其实施过程中的各种教育与管理方面的组织协调工作，同时由于质量体系的运行涉及企业众多部门的具体业务工作内容，为使企业计划部门、施工部门、技术部门、试验部门、测量部门、检查部门等各部门单位的工作在目标、分工和时间安排与空间布置各方面协调一致。避免因责任范围不清而造成空档出现，从而始终保持质量体系的有效性和有序运转，同样会对行之有效的组织与办调工作提出很高要求。在施工承包企业。只有在企业领导亲自主持、质量管理部门积极负责。全体员工协同努力的情况之下企业质量体系的有效运转才有可能得以正常进行。
B、质量监督
质量体系在运行过程之中，企业各项质量工作及其结果都不可避免地存在着发生偏离标准规范的可能，为此必须实施质量监督。质量监督，可分为企业内部质量监督和外部质量监督两种方式，其中内部监督是指施工承包企业进行的工程质量的自身监督机构所从事的工程质量监督活动或重在工程开工之前和施工过程之中对企业质量体系所进行的检查和监督活动。质量监督的性质量符合性监督，其根本任务是通过对工程实体质量进行 续性的监视和验证，在此过程之中如果发现质量工作及其结果已偏离有关管理标准和技术标准，则将此情况反馈给施工承包企业以利于其及时进行纠正，并在严重与必要时通过采取停工整顿措施以重新恢复质量 工作的正常秩序，从而使质量体系指导之下的企业各项质量工作和工程实体质量均能最终符合标准规定的要求。
C、信息管理
有效的质量信息管理工作是企业质量体系正常运行的必要前提。在企业质量体系运行过程中，只有建立并通过企业质量信息反馈系统，通过对异常的质量信息所进行的连续反馈及处理过程，借助动态控制手法，才能使企业的各项质量工作与工程实体质量均始终处于受控状态。需要强调，质量信息管理和前述质量监督、组织协调之间的关系是密不可分的，这体现为异常质量信息必然来自于质量监督，而异常质量信息则需要依靠有效的组织与协调工作，因此，上述三项工作的有机结合对维护企业质量体系的正常运行具有极为重要的保证作用。
D、质量体系的前期审核与管理评审
由前所述，施工承包企业进行定期的质量体系审核与不定期的质量体系管理评审工作其目的一是对质量体系运行过程中出现的问题采取纠正措施，通过对质量体系的运行过程进行管理以保持质量体系的有效性;二是评价质量体系可能存在的不足之处的基础上对质量体系结构中的不适用部分采取积极的改进措施。因而，开展质量体系的定期审核与管理评审工作是保持施工承包企业质量体系持续有效运行的主要手段。
