扁形动物门的主要特征有以下几点：
体型为两侧对称，指通过动物体的中央轴，只有一个切面（或说对称面）可将动物体分成左右相等的两部分，故又叫左右对称。这样的动物体可分出前后、左右和背、腹，便于动物体各个部分的分化，是动物定向运动的结果。
形成了中胚层：从扁形动物开始，在内外胚层之间出现了中胚层，它对动物体结构与机能的发展有利，可以减少内外胚层的负担，有利于动物体结构与机能的提高。
皮肤肌肉囊的形成：由于中胚层的形成而产生的肌肉与外胚层形成的表皮相互紧贴所形成的体壁称为皮肤肌肉囊。它增强了体壁的保护和运动等功能。
消化系统为不完全消化系统：即有口、肠，但无肛门。与腔肠动物比较有真正的肠出现，提高了消化和吸收的能力。
排泄系统是原肾管组成的，专门的排泄系统的出现是从扁形动物（除无肠目外）开始的。原肾管通常由具有很多分支的小管组成，小管内端是由焰细胞形成的盲端，小管另一端相互汇合后以排泄孔通体外。神经系统为梯形：表现在神经细胞向前集中形成脑，由脑向后发出若干纵神经索，在纵神经索之间有横神经相连，它比腔肠动物的神经系统进步，一般认为是腔肠动物的网状神经系统向前集中的结果。由中胚层形成固定的生殖腺和生殖导管。
