根据《证券法》第157条的规定，证券登记结算机构的职能有：
（1）证券账户、结算账户的设立
证券账户是投资者在证券登记结算机构开立的股票账户、债券账户和投资者基金账户等，主要用来记载和反映投资者持有的证券种类、数量等情况。结算账户是为了办理证券交易中资金与证券的交割和提高安全性，由证券公司在证券登记结算机构设立的结算账户。证券账户用于记录投资者买卖、持有证券的情况，反映的是投资者的权益。结算账户的作用在于为证券交易买卖双方提供清算交收服务，表彰的是证券公司与证券登记结算机构的相互关系，反映的是证券公司的权益。
证券结算账户包括证券集中交收账户、资金集中交收账户、结算参与人证券交收账户、结算参与人资金集中交收账户。另外，证券登记结算机构还设有专用清偿账户和证券处置账户。专用清偿账户用于存放结算参与人交收违约时证券登记结算机构暂未交付、扣划的证券和资金。证券处置账户，是指结算参与人向证券登记结算机构申请开立的结算账户，用于存放客户交收违约时证券公司暂不交付给客户的证券。
（2）证券的存管和过户
存管是指证券登记结算公司接受证券公司的委托，集中保管证券公司的自有证券和证券公司客户的证券，并提供代收红利等权益维护服务。过户包含交收和登记转移两层含义。交收是指证券登记结算机构根据确定的清算结果，通过转移证券和资金，履行相关债权债务。登记转移是指将转移的证券记载于合法持有人名下。
（3）证券持有人名册登记
登记是指证券登记结算机构根据发行人委托，通过设立和维护证券持有人名册，以确认证券持有人持有证券的事实。通过登记，可将登记名册提供给证券发行人、投资者以及其他相关人员使用。证券登记结算机构登记制作的名册，具有权利证明的效力。当登记名册与发行人编制的股东名册或者债券持有人名册发生冲突时，应当以证券登记结算机构编制的名册为准。
（4）证券交易所上市交易证券的结算
结算包括清算和交收。清算是指证券登记结算机构按照确定的规则计算证券和资金的应收应付数额的行为。我国目前采取多边净额结算的方法，即证券登记结算机构将每个结算参与人所有达成交易的应收应付证券或资金予以冲抵轧差，计算出相对每个结算参与人的应收应付证券或资金的净额，再按照应收应付证券或资金的净额与每个结算参与人进行交收。交收，又称&ldquo；交割&rdquo；，是指证券登记结算机构根据确定的清算结果，通过转移证券和资金履行相关债权债务的行为。我国目前采取货银对付的交收方法，即证券登记结算机构与结算参与人在交收过程中，当资金交付时给付证券，证券交付时给付资金。
（5）受证券发行人委托派发证券权益
证券权益包括上市公司分配股息和红利、资本公积金转增股本，也包括向债券持有人派发债券利息等。由于证券在上市交易后，发行人难以掌握持有证券者的情况，根据协议由证券登记结算机构向证券持有人派发权益，既准确、便捷，又利于保护投资者利益。
（6）办理相关业务的查询
这是证券登记结算机构基本业务的派生义务。证券登记结算机构及其工作人员依法对与证券登记结算业务有关的数据和资料负有保密义务，但在查询人提供合法手续的情况下，应当提供查询服务；尤其是投资者申请查询时，应当提供方便服务。
（7）证券监管机构批准的其他业务
根据证监会发布的文件，证券登记结算机构应当在上市公司董事等高级管理人员任职期间，采取有效方式锁定其名下的股票。随着我国证券市场的发展及与国际资本的市场的接轨，办理跨国结算、非上市证券登记清算业务、证券质押登记及股务管理等业务，也会逐渐等到认同并成为证券登记结算机构的业务范围。但这些业务的开展需国务院证券监督管理机构的批准。
