我国公共政策主体能力提升的困境主要表现在以下几方面：
（1）决策体制建构较差。从转型期的具体实践来看，现代公共管理者对公共决策体制的建构能力有待提高。科学、合理的决策体制通过分工合作集思广益，有利于提高政府决策的科学化和民主化。
（2）利益协调机制欠缺。多元利益的共存对政策主体调控利益关系的能力提出了很大的质疑。利益协调机制的欠缺则是政策主体利益关系调控能力不足的体现，多元利益直接作用于许多重大、复杂的公共问题上，将会对公共政策的质量构成威胁。
（3）政治沟通渠道受阻。政治沟通，既包括不同或相同部门间政府官员的内部沟通，也包括政府与公民间的外部沟通。政治沟通渠道的不顺畅，不仅造成政府内部的决策效率下降，行动受阻，也降低了政策系统输人端的民意提取质量。
（4）资源配置不够均衡。政策主体往往都是理性经济人，在利益诱惑面前，政策主体所采取的行动往往背离最广大人民的公共利益，造成有限资源的不公平分配。这对公共政策主体能力的提升也是一大挑战。
