特别行政区长官行使的主要职权有：
（1）领导特别行政区政府；
（2）负责执行基本法和依照基本法适用于特别行政区的其他法；
（3）签署立法会通过的法案，公布法律；签署立法会通过的财政预算案，将财政预算、决算报中央政府备案；
（4）决定政府政策，发布行政命令；
（5）提名并报请中央政府任命各司司长、各局局长、各处处长等主要官员；
（6）依照法定程序任免各级法院法官；
（7）依照法定程序任免公职人员；
（8）执行中央政府就基本法规定的有关事务发出的指令；
（9）代表特别行政区政府处理中央授权的对外事务和其他事务；
（10）批准向立法会提出有关财政收入或支出动议；
（11）根据安全和重大公共利益考虑，决定政府官员或其他负责政府公务的人员是否向立法会作证或提供证据；
（12）赦免或减轻刑事罪犯的刑罚；
（13）处理请愿、申诉事项。
