在刑罚宽严的问题上，朱熹力主以严为本，而以宽济之。他认为，“今人说宽政，多是事事不管，某谓坏了这‘宽’字”。他分析其原因时说：执法者或为祸福报应之说所迷惑，“多喜出人罪以求福报”；或为“恤刑之说”所迷惑，“以为当宽人之罪而出其死”，凡遇罪当杀者，总为之开脱，以待上奏之后裁决；或为“罪疑从轻”之说所迷惑，以为“凡罪皆可以从轻”。他要求纠正这种有利于罪犯、有害于被害者的做法。“今人说轻刑者，只见所犯之人为可悯，而不知被伤之人尤可念也。如劫盗杀人者，人多为之求生，殊不念死者之为无辜，是知为盗贼计，而不为良民计也。”
朱熹的严刑主张，还具体反映在恢复肉刑，限制赎刑，严惩“奸凶”诸问题上。
第一，主张恢复肉刑。“今徒、流之法，既不足以止穿窬淫放之奸，而其过于重者则又有不当死而死，如强暴赃满之类者”，如果恢复肉刑，虽然摧残了人的肢体，却保全了他的性命，且又不能继续作恶。这是“仰合先王之意而下适当世之宜”的好办法。
第二，限制赎刑。他认为，原来规定的赎刑，只适用于轻罪：“罪之极轻，虽人于鞭扑之刑而情法犹有可议者。”后世出现的“赎五刑法，非圣人意也”。如果重罪仍适用赎刑，结果是有财者杀人伤人而可幸免刑狱之苦，无辜者又何其不幸。因此，对赎刑的使用必须严加限制。
第三，严惩“奸凶”。朱熹主张，对于危害封建统治的“奸凶”要迅速严厉地加以惩处，决不宽贷。他说：“早正典刑，使奸凶之人，不得以迁延幸免。”
以“以严为本”为原则，朱熹还要求维护封建等级制，审理案件须先分清尊卑、上下、长幼、亲疏的区别，然后才判断其是非曲直。由此可见，朱熹的“以严为本”，最终是以维护纲纪伦常为其根本原则的。为了维护纲纪伦常，他不借抛弃“直”与“不直”的是非界限，混淆罪与非罪的区分。
