笛卡尔和培根一样，主张哲学的革新，认为要建立新的哲学必须清除思想中从传统教育得来的一切偏见，必须凭借理性，利用新的科学方法，以获得可靠有用的知识。
他应用的方法第一步就是普遍怀疑，即对所有事物都怀疑，也就是用理性的方法来审查的知识。虽然他把怀疑只看作手段，而不是目的，与怀疑论有所不同，并且在当时还具有一定的反经院哲学的意义，但是，这种怀疑毕竟是脱离实践，脱离感性的，把“怀疑”作为一种方法，凭借“理性”进行内省以获得真理，这是一种唯心论观点。他从普遍怀疑出发，认为可以怀疑一切，但有一件事却是不可怀疑的，即我在怀疑，我在思想。他认为这像几何公理一样是“不证自明的”。既然承认我在思想，那就必须承认思想的我是存在的。由此他得出一个命题：“我思故我在。”他认为这是经过有条理的推演所得到的最确实可靠的真理，这作为一切认识的出发点。“我”是一个实体，这个实体的全部本质或本性只是思想，它并不需要任何地点便存在，也不依赖任何物质性的东西。
笛卡尔认为，我既然在怀疑，我就不是最完满的东西，因为怀疑总是表示认识不足，可是在我心中明明有一个无限完满的实体把这个观念放在我心中，那就是上帝。接着笛卡尔又从上帝的存在，论证物质世界的存在。既然上帝存在就可以保证我心中观念的真实性，因为我心中对外界世界的观念是上帝印入我心中的。这样，笛卡尔在他的哲学中确定了三种实体的存在：上帝、自我（心灵实体）、客观世界（物质实体）。他认为心和物各自独立，性质根本不同，互不决定，彼此不能发生任何影响，这种观点称作“二元论”的思想。
