（1）种群遗传结构分析：主要表现在亲缘关系和系统发育中的应用、在种质鉴定中的应用、在遗传多样性中的应用
（2）预测杂种优势：分子遗传标记可显示不同亲本组合基因组的差异情况，预测亲本的组成差异、亲本间的遗传距离与杂种优势的关系，为杂交育种中亲本的选择、杂交子代优势预测提供有力的证据。
（3）分子遗传图谱的构建与基因定位：遗传连锁图谱不仅是遗传研究的重要内容，而且为生物种质资源，目标基因克隆、育种等应用研究提供了理论依据。
（4）分子遗传学标记辅助选择：大多数水产动物的重要经济性状是受数量性状位点（QTL）和环境共同作用的。经典的遗传育种研究方法无法区分一个重要性状的区分是由哪一个具体的基因控制的，DNA分子标记为数量性状的定位提供了便捷之路。
