采收花卉种子，一般应以种子充分成熟之后进行。种子成熟期因植株种类、生长环境和着花部位不同而不同，因此必须经常观察成熟情况及时采收。否则，过早采收种子，种子尚未发育成熟，发芽率是低的，而且在这种情况下因种皮尚未发育完毕，易使胚芽和胚乳失水变干，加上未成熟的种子所含有机物是易溶的，这些有机物会向外扩散，成为微生物的良好营养而很快感染霉菌，种子因此丧失生命力。而过迟采收，则种子容易散失。
每种花卉，在种子成熟时都会有自己的特征，可以通过这些特征来进行及时采收。如鸡冠花、金鱼草、凤尾球等，它们的种子成熟时是黑色的；一串红、凤仙花等呈深褐色。对成熟后即自行飞散或脱落的种子，如三色堇、凤仙花、茑萝等，应分批随时采收；对果实不开裂、种子不会散落的，如百日红、鱼尾菊、万寿菊等种子，可在整株种子大部分成熟时连株收割，捆扎成束或摊开凉干后采收种子。
种子采收时要有选择。在同一株上，一般选早开花的花朵所结的种子，尤以生在主杆或主枝上的种子为好。盛花期后开花及柔弱侧枝上花朵所结的种子，是不宜留作种用的。家庭里贮藏花卉种子可用下面的方法：把采收下的种子在通风环境下凉晒干，注意不要放在强光下暴晒。找一个容器如玻璃瓶、塑料瓶、瓦罐、铝盒等，把种子放入，种子放得越满越好，也就是要让容器尽量不留空气，然后把容器密封，再把容器放在阴凉处，以0—5摄氏度的温度下恒温保存最为理想。在这种干燥、含空气少和低温的条件下，种子就能放得久。
