在神权政治下，商统治者对作为“神物”的甲骨文书，是十分重视保管的，从地下发掘到的比较有秩序的大量堆积的甲骨，可以说明甲骨是有意识的集中存贮以备查考利用的。
第一，从考古出土看，商代大部分甲骨档案是集中保管。主要是殷统治者的宗庙和陵墓所在地，这样既便于保卫，又便于利用。
第二，从窖藏情况看，大体有朝代可循，多数窖集中储存一个王统治时期的甲骨，也反映了集中管理的做法。
第三，有集中归档的做法，就是殷商甲骨档案突出的一点。卜辞集中出土于殷都安阳，而卜辞所记占卜地往往有在殷都以外的，可见这些在外地占卜的甲骨，仍旧归档于殷都。
第四，有初步的整理方法。首先有原始的归档登记制度。其次有的龟甲编连成册或按包保管或粘贴保管。甲和骨分别贮藏。还有原始的目录索引。
第五，有专门经管人员。从卜辞贞人来看，他们不仅是甲骨档案的形成者，同时又是专门的经管官员。每片卜辞都有他们的亲笔签名，记事刻辞里也有经管史官的名字。
甲骨就其本质来说是档案而不是书籍，是为日后的稽查考核。简言之，商代甲骨档案保管方法是：1、实行集中保管；2、有类似现在的保管方法；3、有初步的整理方法；4、有专职档案管理员。
