影响因素有：
（1）电场强度：电场强度是指每1cm的电位降，亦即电势梯度。电场强度愈高，带电质点移动速度愈快。
（2）溶液的pH值：溶液的pH值决定了化合物解离的程度，也决定了质点所带的净电荷。对蛋白质氨基酸等两性电解质，其溶液pH值离等电点愈远，质点所带净电荷愈多，向相反电极的电泳速度也愈快。因此选择适宜的pH值电极液，将有利于各种蛋白质的分离。为了使溶液pH值在电泳过程中保持恒定，必须使用缓冲溶液。
（3）溶液的离子强度：溶液的离子强度越高，质点的泳动速度愈慢，但区带分离度却较清晰；反之则越快，区带分离度亦较差。所以电极溶液的离子强度必须选择最佳数值。
（4）电渗：在电场作用下对于固体支持物的相对移动称为电渗。由于固体支持物多孔，常吸附溶液中的正离子或负离子，使溶液相对带负电或正电。在电场中，溶液就向正极或负极移动。为此，在选择支持物时应尽量避免选用具有高电渗作用的物质。
（5）其他：如缓冲溶液的粘度、缓冲溶液与带电质点的相互作用以及电泳时的温度变化、电压不稳等因素也都能影响电泳速度。
