百日咳杆菌的致病物质除荚膜，菌毛，内毒素外，还有：
（1）百日咳毒素（外毒素）.与细菌附着纤毛上皮细胞及引起阵发性咳嗽有关.
（2）腺苷酸环化酶毒素.可抑制巨噬细胞的氧化活性，抑制中性粒细胞的趋化，吞噬及杀伤作用，抑制NK细胞的杀细胞作用.
（3）丝状红细胞凝集毒素.促进细菌对纤毛上皮细胞的黏附.
（4）气管细胞毒素.对气管纤毛上皮细胞有特殊的亲合力，低浓度时抑制纤毛的摆动，高浓度时使之细胞坏死脱落.
（5）皮肤坏死毒素.不耐热，能引起外周血管收缩，白细胞渗出或出血，致局部组织缺血，坏死等.
