PAM矩阵和BLOSUM矩阵都是用于序列相似性的记分矩阵(scoring matrix)。记分矩阵中含有对齐时具体使用的数值。一般FASTA和BLAST都提供BLOSUM或PAM系列矩阵供选择,若要进行突变性质的进化分析时可以使用PAM,FASTA缺省推荐BLOSUM50矩阵。
PAM矩阵(Point Accepted Mutation)基于进化的点突变模型,如果两种氨基酸替换频繁,说明自然界接受这种替换,那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变,但这并不意味100次PAM后,每个氨基酸都发生变化,因为其中一些位置可能会经过多次突变,甚至可能会变回到原来的氨基酸。
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks Substitution Matrix)首先寻找氨基酸模式,即有意义的一段氨基酸片断(如一个结构域及其相邻的两小段氨基酸序列),分别比较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性(某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数据),然后,以所有 60%保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据,产生BLOSUM60;以所有80%保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据,产生BLOSUM80。
(简答题)
什么是序列比对中使用的PAM矩阵和BLOSUM矩阵,它们的作用是什么,一般BLAST选择使用的矩阵是什么
正确答案
答案解析
略
相似试题
(简答题)
在序列比对时DNA序列和蛋白质序列得分矩阵的意义有何不同?
(填空题)
序列比对的基本思想,是找出()和()的相似性,就是通过在序列中插入()的方法使所比较的序列长度达到一致。比对的数学模型大体分为两类,分别是()和()。
(简答题)
什么是多序列全局比对的累进算法?
(简答题)
什么是多序列全局比对的累进算法?(三个步骤)
(简答题)
什么是序列比对?及其基本分类?
(简答题)
给定一条序列,简述使用BLAST进行序列比对分析的策略
(简答题)
简述PAM矩阵与BLUSUM矩阵的关系
(名词解析)
PAM矩阵
(单选题)
多序列比对工具是()。