农业生态系统的资金流与能物流有两种关系：
（1）通过价格的耦联关系。资金流与能物流在购买农业生产资料时或出售农产品时发生耦联关系，流量成正比，流向相反。
（2）相互独立的关系。
A.独立的资金流：通过纳税、还息、还贷、交费、交罚款等方式离开农业生态系统的资金流，以及财政和金融部门通过贷款、补贴、奖励等方式投进农业生态系统的资金，都不和能物流发生直接的联系；
B.独立的能物流：人为把系统外的能量和物质输入到农业生产系统中来，自然界吧能量和物质自然地带到农业生态系统中来，一系列人为与自然过程都使能量物质离开农业生态系统。由于这些输入和输出都不经过市场，因此一般是独立于资金流发生的。
