（1）、激活细胞。具有修复细胞、激活细胞内代谢呼吸的功效，能增强作物免疫力，延缓衰老，帮助作物抵御各种不良环境；产生生物内源激素刺激作物生长。菌肥中的微生物，无论在其发酵过程（所谓“发酵”，实际上可形象地理解为微生物的自身繁殖过程），还是在土壤内的生命活动过程中，均会产生大量的内源赤霉素和细胞内源激素类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。
（2）、减轻或抑制作物病害。三一专用生物肥最突出的特点就是具有抗重茬的功能：有益微生物在植物根系周围形成优势菌群，增加土壤有益菌数量，改善土壤微生态环境，增加土壤中放线菌数量，降低丝状真菌数量；分泌物有利于抗生素、内源激素类物质增加，有利于消灭病原微生物，使病原微生物难以繁殖；诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对有害微生物的防御反应；促使作物生长健壮，增强作物的抗病能力；叶面喷施，可减轻灰霉病、霜霉病等真菌性病害；可控制或钝化各种病毒病对作物的危害；抑制、拮抗并减少作物种子、根、茎及根际土壤中各种病原菌的数量，消除多种作物根茎腐烂病，减轻姜瘟病、根肿病等多种病害，减轻作物重茬病，防治根结线虫病；对枯萎、黄萎、根腐、死棵等病害有明显的防治抑制效果，对苗期立枯、猝倒等病害有很好的防效。
有益菌能“以正压邪”，减轻病害。菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能抑制和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效（可以形象地理解为“以正压邪”）。“土著”的概念，是相对于外来殖民者而言。土著人是指在殖民者从其他地方来到之前，就住在他们土地上的人民。他们的祖先在不同文化、或不同种族的人来的时候，就已居住在一个国家或一个地理区域。新来者后来通过征服、占领、殖民等手段，占有了统治地位。土壤中微生物也是如此，外来有益菌多了，就能占领原有也就是土著有害菌的地盘，使其不能快速繁殖。
（3）、活化土壤，提高肥效。三一专用生物肥能分解有机残体，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状；将植物不能吸收的物质转化为有效养分，供植物吸收利用；增强根系活力，促进根系发达，有效降解土壤中的有害物质和自毒物质；提高出苗率，促根壮苗；有益菌刺激有机质释放营养。大量有机质通过有益微生物活动，不断释放植物生长所需的营养元素，达到肥效持久之目的；大幅度提高化肥利用率，提高作物对营养物质的吸收。
化肥利用率低已是众所周知的事实。各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用：减少化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
（4）、培肥改良土壤营养结构。三一专用生物肥内殖活菌溢出的胞外多糖是土壤团粒结构的粘合剂，在增加作物根际土壤有益菌含量的同时，已经改善了土壤的团粒结构，疏松了土壤，活化了土壤中的潜在养分，提高了土壤的蓄肥和供肥能力，使土壤能均衡供应作物所需各种养分，提高了土壤的生产力。能松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。
三一专用生物肥中的有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液，矿物胶体和有机胶体结合在一起，改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。
（5）、促进根系生长。三一专用生物肥中的有益微生物能净化或降解土壤中某些有毒物质，促进根系发育。在根系发育高峰之前使用该肥料，可使作物吸收根增加22-125％，保证作物根系与茎叶均衡生长，使作物生长均匀整齐。
（6）、促进生长，增产增收。三一专用生物肥施入土壤后，植物根部分泌物质供应微生物的需求，有益微生物在土壤中迅速繁殖，同时微生物也生产各种不同物质来回报植物体，产生多种对作物有益的代谢产物。这些代谢产物可刺激或调控作物生长，使作物健壮有利于作物形成大量花芽，增加坐果率，促使作物果实膨大、籽粒饱满，作物一般可以提早5-7天成熟。作物生长中期使用该产品，可保持作物始终生长旺盛，根系活力强，采摘期延长，增加作物产量。
（7）、改善和提升农产品品质。三一专用生物肥能改善作物的营养供应，特别是增加了有机质、腐殖酸、氨基酸等有机营养，有利于作物糖分的积累，提高产品的含糖量；有效降解土壤中的亚硝酸盐、自毒和化学残留等有害物质；提高地温，增强作物耐高温、耐低温、耐旱等抗逆能力，降低由于除草剂、杀虫杀菌剂、化肥使用不当对作物所带来的伤害，促进作物均衡吸收营养，解决偏施化肥所造成的“菜不香、果不甜”的难题，增加还原糖和维生素C的含量，提升品质；果型好、果面光洁、亮度高、口感好。
（8）、解除药害肥害，降解残留。三一专用生物肥可以有效分解菊酯类、有机磷类农药、化肥、除草剂及重金属等残留物，清除土壤中各种毒素，为绿色食品生产提供良好的生态环境。叶面喷施，可减缓激素使用过多以及棚室内有害气体对作物的伤害，在作物收获前使用可明显降低农药残留量。
（9）、减轻缺素生理病害。三一专用生物肥可促进作物对各种营养元素的吸收，尤其是对磷、钙、镁，锰、锌等元素的吸收，明显减轻苦痘病、脐腐病、裂果病等缺钙生理病害，减轻作物缺锌小叶病，光合作用增强。
（10）、降低污染，保护环境。大量施用化肥、农药，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害，消除土壤污染是环境治理的重要内容。
三一专用生物肥具有降解和转化土壤中有毒物质的能力，这种生物修复是土壤修复的各种措施中最经济有效的措施。
