（1）纵向成带现象：湖泊和水库的水温等变化具有典型的水平分层现象，而在河流中却是纵向流动的；（2）生物多具有适应急流生境的特殊形态结构：在流水型生态系统中，水流常是主要限制因子。
（3）相互制约关系复杂：河流生态系统受其他系统的制约较大，它的绝大部分河段受流域内陆地生态系统的制约，流域内陆地生态系统的气候、植被以及人为干扰强度等对河流生态系统产生较大的影响。
（4）自净能力更强、受干扰后恢复速度较快：由于河流生态系统流动性大，水的更新速度快，所以系统自身自净能力较强，一旦污染源被切断，系统的恢复速度比湖泊、水库要迅速。
