将科学方法按其普遍性程度不同，由低级到高级，由具体到普遍，分为三个层次。
第一个层次是各门科学中的一些具体方法。它属于各门科学本身的研究对象。例如，数学物理方法，说的是数学这种一般方法在物理学这门具体科学中的应用。再如经济计划学的投入——产出法、经济统计学的随机抽样方法，是数学这门一般方法在经济学这门具体科学中的应用。
第二个层次是科学研究中的一般方法。它是从各门科学中总结、概括出来的。是许多学科或所有学科都普遍适用的方法。例如，各学科中普遍运用的抽象方法，如逻辑方法，分析与综合、归纳与演绎等。
第三个层次是哲学方法。它普遍适用于自然科学、社会科学和思维科学，是一切科学的最一般的方法。例如，世界观、唯物辩证法等。这些方法实际上在指导着自然科学和社会科学各学科的认识和研究。
