城市环境中对树木健康危害较大的是城市的土壤污染，由于有害物质沉淀堆积，以及病原微生物所造成的土壤污染，当超过土壤自净能力时，引起土壤系统成分、结构和功能的变化，土壤微生物活力受抑制或破坏，肥力渐降或盐碱化，导致土壤正常功能失调，土壤质量下降，影响树体的正常生长发育。同时土壤污染物又向环境输出转化，使大气、水体等进一步污染，对生态系统影响非常严重。
土壤中的重金属离子及某些有毒物质，如砷、镉、过量的铜和锌等，能直接影响树体生长和发育或在体内积累。“酸雨”使土壤酸化，使氮不能转化为供树体吸收的硝酸盐或铵盐，使磷酸盐变成难溶性的沉淀，使铁转化为不溶性的铁盐，从而影响植株生长。碱性粉尘（如水泥粉尘）能使土壤碱化，使树木的水分和养分口及收变得困难，并引起缺素症。
土壤污染的显著特点是具有持续性，例如某些农药在土中自然分解需几十年。故难以采取大规模的消除措施。
