章学诚的目录学思想集中反映在其《校雠通义》一书中。这是一部从目录文献入手探寻目录学义理的会通之作。目录校雠的主要目的在于通过部次条别而辨章学术、考镜源流，“辨章学术、考镜源流”是章学诚目录学思想的精华。章学诚认为书目编纂体例，不仅应当通过甲乙部次辨章流别，更应当通过小序叙录等方式折衷六艺，宣明大道。章学诚除了强调类例、注重小序与叙录外，还特著《互著》篇与《别裁》篇，作为解决对类例间学术相互联系现象的一种方法。关于互著，他说：“理有互通、书有两用者，未尝不兼收并载，初不以重复为嫌；其于甲乙部次之下，但加互注”。关于别裁，他说：“所著之篇，于全书之内自为一类者，并得裁其篇章，补苴部次，别出门类，以辨著述源流”。
章学诚从辨考学术源流的角度，纳互著别裁于其整个目录学理论之中，其目录学理论体现出了一种系统性与完善性，可以说是在郑樵、胡应麟诸学者目录学思想基础上的深入与完善。
