（1）正常菌群：寄居在正常人的体表和与外界相通的腔道粘膜中（眼结膜、口腔、鼻咽、肠道、泌尿生殖道等）的不同种类和数量的微生物称为正常微生物群。正常情况下对人体有益无害。其中以细菌为主，故将正常微生物群通称为正常菌群。
（2）菌群失调症：由于长期使用抗生素或滥用抗生素，机体某些部位的正常菌群中，各种细菌的正常比例发生变化，称为菌群失调。例如长期使用抗生素治疗腹泻的病人，可使肠内正常的大肠埃希菌数目大量减少，而导致金黄色葡萄球菌及白色假丝酵母菌大量繁殖，引起假膜性肠炎。此类疾病称为菌群失调症。为防止菌群失调症的发生，在临床工作中，必须合理使用抗生素。
