1、根据酶的底物命名，如淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶等
2、根据催化反应的类型命名，如氧化酶、脱氢酶、加氧酶、转氨酶等。
3、国际系统命名——根据酶促反应性质
（1）氧化还原酶类：催化氧化-还原反应（如乳酸脱氢酶等）
（2）移换酶类：催化功能基团的转移反应（如：丙氨酸：酮戊二酸氨基移换酶，即：谷丙转氨酶）
（3）水解酶类：催化水解反应（如淀粉酶、核酸酶、蛋白酶、脂肪酶等）
（4）裂合酶类：催化从底物上移去一个基团而形成双键的反应或其逆反应（如醛缩酶、水化酶及脱氢酶等）（5）异构酶类：催化各种同分异构体的相互转化（如G-6-P异构酶，催化D、L-构型互变的酶等）
（6）合成酶：催化一切必须与ATP分解相关联，并由两种物质合成一种物质的反应（如CTP合成酶、酪氨酸合成酶等）
