（1）硅藻门细胞壁富含硅质，硅质壁上具有排列规则的花纹，外层为硅质，内层为果胶质，硅藻构造像个盒子；
（2）硅藻细胞有三个轴，分别为纵轴、横轴和贯壳轴；三个面，即壳面、长轴带面和短轴带面；
（3）有些种类具有间生带和隔片，具有增强细胞壁的作用；
（4）细胞表面向外伸展形成突起、刺、毛、胶质线等，具有增加浮力和相互连接的作用；
（5）细胞壁上具有排列规则的花纹，主要有点纹、线纹、孔纹、肋纹；
（6）有些种类具有壳缝；
（7）光合作用色素主要有叶绿素a、叶绿素c1、叶绿素c2、以及胡萝卜素、岩藻黄素、硅藻黄素；
（8）贮存物质主要是油滴，呈小球状，光亮透明；
（9）位于细胞中央有一个细胞核；
（10）繁殖有营养繁殖、复大孢子、小孢子和休眠孢子等几种方式。
