组培中的污染途径有以下几种：
（1）户外风大，菌类进屋机会多。有风就有沙，有沙就有尘，有尘就有菌，菌尘共存，这是菌类进屋的主要原因之一。
（2）屋内太潮，菌类繁衍多。需保持室内空气干燥，如使用空调“除湿”功能，也可减少真菌生长繁殖。
（3）人员带菌多。在整个操作室内，人员可说是最大的带菌者，不管在毛发或是衣服等地方，都隐藏着数不清的菌类。在进入操作室前，最好能对作业人员进行清洁处理，比如换上干净的白大褂，换上实验室的鞋，衣服鞋每星期洗一次，上超净台前手要用肥皂清洗两遍，接种前手再用酒精擦拭一遍。
（4）屋内不干净。紫外线能杀灭或抑制真菌生长，因此应在每次接种前进行20分钟的紫外灯消毒。
（5）清理屋内带菌组培苗。在植物病害中，真菌所引起的病害尤其严重，且因会产生孢子，随着空气飘散。一旦落入适当的环境下，一粒小小的孢子便会扩大成一个菌落，污染整个组织培养瓶。因此一旦有真菌污染的组培苗，就要用高压灭菌器彻底消灭，以防扩散。
（6）接种不正确。不正确操作也会增加污染机率，如开盖太快，灭菌不够，操作过慢等。接种过程应该轻开盖，快操作。
