基建预、决算审计一般分准备、实施、问题协商等三个基本程序。
一是准备程序。选派得力人员，搜集确定审查的各项依据，全面熟悉施工图纸；
二是实施审计程序。根据国家和地区制定的定额标准、工程量计算规则、材料价格及取费标准，对预、决算逐项进行技术和数据上的验算、核实和修正，并结合现场实际情况和签证进行调整，坚持实事求是的原则，确保预、决算质量；
三是协商调解程序。在审计中，对于有分歧、有争议、且无统一规定或规定不明确的问题，需要充分协商，找到依据，尽快取得一致意见；对分歧意见较大、争执不下的问题应请有关部门进行调解或仲裁。
