胚胎移植的方法有手术法和非手术法两种，可根据受体动物品种及移植目的不同选择使用。
（一）牛的胚胎移植
1、手术移植先将受体母牛做好术前准备。在右腹部切口，找到有黄体侧子宫角，再把吸有胚胎的注射器或移卵管刺入子宫角前端，注入胚胎，然后将子宫复位，缝合切口
2、非手术移植
（1）非手术移植一般在发情后第6～9天进行，过早移植会影响受胚率。
（2）在非手术移植中采用胚胎移植枪和0.25mL细管移植的效果较好。
（3）将装有胚胎的吸管装入移植枪内，通过子宫颈插入子宫角深部，注入胚胎。
（4）非手术移植要严格遵守无菌操作规程，以防生产殖道感染
（二）羊的胚胎移植
1、常规手术法
对受体羊进行常规手术，在乳房前的腹中线部做一切口，然后引出输卵管或子宫角。
通常将发育在3.5天内的胚胎移入输卵管，发育到3.5天以后的胚胎移入子宫角。
胚胎一般应移入有黄体一侧的子宫角内
2、简易手术法
用手术刀在母羊后肢内侧的鼠蹊部做1.2～1.5cm的切口，插入食指，找到子宫角，插入手术刀柄，用食指和手术刀柄夹出子宫角，然后用移植针进行移植。
3、非手术法
用阴道扩张器，将移植导管通过子宫插入到子宫角植入胚胎。此法尚不可靠，成功率低。
4、腹腔镜法
先对羊进行全身麻醉，而后从腹部插入腹腔镜，用特制的镊子夹住子宫角，并将其轻轻提起，然后将胚胎注入子宫角。
