(1)产生灭活酶：细菌产生的β-内酰胺酶可使青霉素类和头孢菌素类抗生素的β-内酰胺环水解而失去抗菌活性；产生的钝化酶可使氨基糖苷类抗生素的化学结构发生改变，丧失其抑制蛋白质合成的作用，导致耐药。
(2)改变药物作用的靶位结构：细菌细胞膜内侧与抗生素结合的靶蛋自发生改变，可降低与抗生素的亲和力，导致抗菌失败。如链霉素作用的细菌在30s亚基上的作用靶位P蛋白质发生构象变化，青霉素作用的靶位青霉素结合蛋白(PBPs)的改变，均使药物不易与之结合而产生耐药。
(3)降低细胞外膜的通透性：能阻止抗菌药物进入菌体内的细菌具有天然耐药性，通过改变通道蛋白的性质和数量而降低细胞膜通透性阻止抗菌药进入菌体内的细菌可产生获得性耐药。如对四环素耐药的菌株主要是由耐药质粒诱导产生的蛋白质阻塞了细胞壁的水孔，使得药物无法通过。
(4)主动外排系统活性增强：某些细菌能将进入菌体内的药物泵出体外，称主动外排系统。此系统活性增强，可使药物的排出速度大于内流速度，降低菌体内的药物浓度而耐药。金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌也可通过此途径对青霉素类产生耐药性。
