1）细胞种质影响：选择次生产物含量高和合成次生物质部位的细胞为培养对象。
2）选育高产细胞系
直接筛选法：对物种的愈伤组织培养物多次进行比较，选择出次生代谢产物含量高、生长良好的细胞系 诱变法：利用射线对愈伤组织进行诱变，再进行平板培养，进而筛选出次生代谢产物含量高的细胞系。 基因工程细胞株：关键酶 转录因子
3）培养基
生长培养基 高激素 低胁迫 生产培养基 低激素 胁迫
4）二阶段培养法：二阶段法连续培养可以提高次生产物含量
5）两相法培养：该法可减轻产物本身对细胞代谢的抑制作用，并可保护产物免受培养基中催化酶或酸对产物的影响。此外，由于产物在固相或疏水相中的积累简化了下游处理过程，所以，可大幅度降低生产成本。
6）固定化培养：利于细胞组织化，可提高次生代谢产物含量。
7）培养基成分：一般地说，提高碳、氮、硝酸盐、钾和磷酸盐的浓度倾向促进细胞快速生长，而耗尽时，强烈地刺激次级生代谢。
其中磷酸盐影响最大，开始时降低磷酸盐水平，可强烈促进次生代谢产物产生，这可能是低能荷解除了对次生代谢的抑制作用
8）植物生长调节剂：生长素、细胞分裂素、赤霉酸（GA），脱落酸（ABA），乙烯能有效地触収次生代谢。因为植物细胞培养中，次生代谢物的产生是细胞增殖及分裂的凼数，对次生代谢物有较大影响。
9）植物细胞大规模培养方式
悬浮培养法（主要） 半连续培养法 连续培养法 分批培养法 固定化培养法
10）环境因素的影响
A.光（光照时间、光质及光强）：如烟草细胞培养物连续暗处理，其尼古丁含量高于连续光照处理； 黄酮醇葡萄糖苷合成对波长在320毫微米以下的紫外光敏感，照射后光敏色素系统激収次生代谢途径。
B.温度：温度影响细胞的生长，一般植物细胞于20℃～32℃培养时良好，应根据不同的植物材料和生理代谢要求，选择合适温度
C.搅拌和通气：搅拌过慢减少气体交换量，影响呼吸代谢，过快易破坏细胞。
11）前体饲喂：在植物细胞培养中加入次生代谢物生物合成的前体，是提高次生代谢物产量的有效途径。
12）诱导子：诱导子是一种能引起植物过敏反应的物质，由于它在不植物的相互作用中，能快速、高度与一和选择性的诱导植物特定基因的表达，进而活化特定次生代谢途径，积累特定的目的次生代谢物，所以可以利用它来提高植物次生代谢产物的产量.
