南京城的规划突破方整对称的传统都城形制，根据地理条件和当时的实际需要，基本保留和利用旧城，增辟新区。城内东为皇城，中为居民市肆区，西北为驻军区，各区互不干扰。城市的形式及道路系统呈不规则形状。明初南京城的居民人数据洪武二十四年（1391）统计为47万。城内外驻军42个卫，约20万人。
宫城位于钟山西南，宫后以富贵山作为大内镇山宫前御道两侧是各部及五军都督府等中央机关的官署。御道南出正阳门，门外东有天地坛，西有山川坛，是皇帝郊祀的地方。
城市居民市肆区集中在旧城，其中有大片新建的第宅，如：徐达宅（在大功坊，今瞻园路），常遇春宅（在常府街，今杨公井东），汤和宅（在城南信府街）等；还有各种手工业作坊和商店。市区主要街道两旁是店铺和买卖货物的“官廊”，还有几十处大小市场。在特定地点，由国家建酒楼和供出租的“官廊”，对实现规划所规定的商业区有引导和促进作用。这也影响到明代的北京城
旧城北面鸡笼山以南有全国最高学府国子监。国子监北面是祠庙区。再北，在鸡笼山顶设有观象台。在鸡笼山西侧的黄泥冈上，建有钟鼓楼，为报时之所。城西北部比较荒凉，主要供各卫驻军之用。
城市对外交通主要依靠水运。城西北沿江一带（今下关和三汊河）是交通和对外贸易的枢纽，设有龙江关、龙江市和接待外国商人的龙江驿。经长江而来的物资由三汊河溯秦淮而上，集中于西南部清凉、石城、三山、聚宝四门，所以这一带建有许多仓库、酒楼和客店。招待外国使臣的会同馆和乌蛮驿，则在通济门内靠近文武官署的地段。
