存单纠纷是我国上个世纪90年代以来比较突出的金融纠纷类型。一些金融机构（包括银行、信托公司、财务公司等，以下概称“银行”）为了拉存款，出具的存单很不规范，如私下承诺高额利息或预先支付利息，甚至在委托贷款的情况下也对委托人出具存单。少数银行内部人员与犯罪分子共谋，出具无真实存款关系的虚假存单（即虚开存单），然后持存单要求银行付款，对银行进行诈骗。此外，某些存款人一边用存单进行质押贷款或者清偿债务，一边又到银行申请挂失后取走存款，导致质押权人或受让人到期无法实现存单利益。诸如此类的问题引发了大量存单纠纷，给银行带来了惨重损失，甚至导致中国人民银行在1997年4月叫停了大额可转让定期存单及其存单质押贷款业务。经过调整后，1999年9月，中国人民银行颁布了《单位定期存单质押贷款管理规定》。2007年7月3日，中国银监会根据《物权法》等法律，公布了新的《单位定期存单质押贷款管理规定》和《个人定期存单质押贷款办法》，严格了存单的出具与使用程序。
为了解决存单纠纷，最高人民法院于1997年12月发布了《关于审理存单纠纷案件的若干规定》，将存单纠纷区分为两大类：一般存单纠纷和以存单为表现形式的借贷纠纷。
