肠结核在症状和体征上均无特异之处，很易与克罗恩病混淆，以下几点可资鉴别。
（1）二者在组织学上的不同点：①黏膜肌层出现裂隙和破裂在肠结核仅属偶见，而在克罗恩病常见，并常延至浆膜层。②干酪样坏死只见于肠结核，克罗恩病则无干酪样坏死。③结核分枝杆菌只存在于肠结核中。
（2）在临床表现方面可有以下不同：①克罗恩病往往有明显发作和缓解交替出现的现象。②X线征象显示克罗恩病主要在回肠末端有边缘不齐的线条状阴影，肠曲病变呈节段分布，间以扩张的肠曲，肠梗阻，粪瘘等并发症比肠结核更为常见。抗结核治疗对克罗恩病无效。
（3）肠结核有：①肠外结核特别是肺结核史。②有腹痛、腹泻、便秘等消化道症状，并伴以发热、盗汗等全身症状。③腹部检查发现右下腹压痛、肿块，或呈不明原因肠梗阻表现者。④胃肠钡餐X线造影显示回盲部激惹征象，充盈缺损及狭窄征象
