中国科学院院士、华中农业大学陈华癸教授把微生物肥料定义为“一类含有活微生物的特定制品，应用于农业生产中，作物能够获得特定的肥料效应，在这种效应的产生过程中，制品中的活微生物起关键作用。”科学准确高度概括了微生物肥料的意义、作用和内容。
2006年国家标准（NY/T1113-2006）定义为：微生物肥料是指含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量、促进作物生长或控制作物病害，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。定义明确指出微生物肥料是一种有机生物活体，一种新型肥料。
