HLA在医学上的意义主要表现在以下几点：
(1)HLA与疾病的关系，即携带某一HLA型别的个体对特定疾病表现为易感性或抵抗性的现象，如携带HLA-B27者易患强直性脊柱炎。
(2)HLA抗原表达异常与疾病有关，如多种肿瘤细胞HLA-I类抗原表达减少或缺如，而自身免疫病的靶细胞异常表达HLA-Ⅱ类抗原。
(3)器官移植时，供者与受者间组织相容性即HLA型别吻合程度，决定移植排斥反应的发生与否或发生强度。
(4)HLA型别分析应用于个体识别和亲子鉴定。
(5)对于需要多次接受输血者应注意选择HLA相同和不含抗HLA抗体的血液，以免发生非溶血性输血反应。
