1）客观性原则 评价必须客观地反映实际，使评价结果真实可靠。评价的目的是为了决策，因此评价的质量影响着决策的正确性。也就是说，必须保证评价的客观性，必须弄清评价资料是否全面、可靠、正确，防止评价人员的倾向性，并注意人员的组成应具有代表性。
2）可比性原则 替代方案在保证实现系统的基本功能上要有可比性和一致性。个别方案功能突出、内容有新意，也只能说明其相关方面，不能代替其它方面。
3） 系统性原则 评价指标要包括系统目标所涉及的一切方面，而且对定性问题要有恰当的评价指标，以保证评价不出现片面性。由于物流系统目标往往是多元化、多层次的、多时序的，因此评价指标体系也应该是一个多元化的、多层次的和多时序的有机整体。只有这样才能克服物流系统的效益背反现象，充分发挥物流系统的优势。
