1、频率低，带有偶然性：自然突变不易发生或发生稀少，所以频率低，在高等动物突变频率一般为10－5——10－8，低等生物为10－4——10－10。所为偶然性是指突变发生是一个随机过程，突变是不定向的，无方向性。
2、重演性：指同一突变可以在同一群体内不同个体的多次发生。
3、多方向性：突变可以向多个方向发展，由此产生复等位基因（allele）。
4、可逆性：基因突变就象化学反应过程一样，是可逆的。在同一群体内，正、反突变可能同时发生（但一般正突变频率大于反突变频率）。反突变又称为回复突变。
5、有害性：突变对生物个体一般表现为有害，造成个体在解剖构造或生理机能上的改变，从而破坏了生物体内部机能和生物体与环境的协调性。但突变为生物提供了新的适应性，因而突变是生物进化的基础。从整个生物界的进化来讲突变又是有利的。对生物体不利，对人有利的突变因得到人类的保护而得以保留。
