检察院经费三年内将脱离地方财政确保司法公正检察院经费由地方财政保障，一度被学界指为影响司法公正，如今，这一制度将在今后三年内得到彻底改革。最高人民检察院日前印发《关于进一步深化检察改革的三年实施意见》，提出要探索建立人民检察院的业务经费由国家财政统一保障、分别列入中央和省级财政预算的制度。该意见特别提出，如果发现司法工作人员在立案、侦查、起诉、审判和执行中有渎职行为或其他影响公正办案情形的，要探索建立更换办案人员制度，以明确检察机关发现办案人员渎职的途径、建议更换办案人员的具体情形以及提出建议更换办案人员的程序。同时，该意见提出，应建立省级以下检察院直接受理立案侦查案件的备案、批准制度。铁路检察院、林业检察院归属系统这一现状也将进行改革。意见提出，要逐步改革铁路、林业等部门、企业管理检察院的体制，将部门、企业管理的检察院纳入国家司法管理体系，明确有关检察院的经费来源、人员编制、选拔任用以及案件管辖权等。意见还提出落实地方各级检察院通过考试录用工作人员的制度，实行面向社会、从通过国家统一司法考试取得任职资格的人员中公开选拔初任检察官的制度。逐步建立上级检察院检察官从下级检察院检察官中择优选拔的工作机制。

公共财政理论，由于存在市场失灵的状态，必须靠市场以外的力量来弥补由于市场失灵所带来的无人提供满足公共需求的公共产品的空白，这个市场以外的力量就是政府的力量。而政府提供公共产品的领域只限于公共服务领域，为保证政府不超越这一领域提供公共产品，必须为政府提供公共产品的范围划一明确的界限。所谓公共财政，就是以满足社会公共需要为主旨而进行的政府收支活动或财政运行机制模式。它是具有“公共”性质的国家财政或政府财政，而财政的“公共性”的具体体现就是为市场提供“公共服务”；是财政的一种类型或模式。同级财政全部负担检察经费的保障机制，已不能更好地适应新时期检察工作的需要，且在运行过程中，使检察权往往受制于地方，其意志很难独立，不利于法制的统一和权威。
一些地方政府尤其是个别行政官员，出于各种原因，对检察机关针对一些国家工作人员的侦查行为设置障碍，使立案侦查遭遇阻力；有的地方政府与官员，出于片面“维护社会稳定”考虑，以“注重社会影响”为名强令检察机关作出逮捕或不逮捕决定，严重影响检察机关独立依法办案。业务经费不受制于地方，司法机关与司法人员的独立性才能得以确立，司法机关与司法人员的独立又是他们能够严格依法办案，及在办案过程中保持中立的前提，而司法机关及其人员的中立又是司法公正能够实现的基础。经过多年改革开放，国家的逐渐富强和中央财政的大幅增长，也表明由中央保证各级司法机关预算经费的经济条件基本成熟。彻底改革司法机关的财政预算制度，将检察机关从地方利益格局中彻底解脱出来，确保司法公正的“独立检察权”才有望真正得到落实，也惟其如此，反腐败事业也才能有一个更可靠的制度基础。

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