自然孵化就是鸟禽通过抱窝对种蛋进行孵化的过程，这是最原始的孵化法。实践中最好利用抱性强烈的乌骨鸡及地方土种鸡来代孵，同时用理化方法催醒有抱性的母孔雀。一般乌骨鸡或家鸡每次只能抱孵5～6个孔雀蛋。孵化时在巢前放置水槽与料槽，保证经常供应清洁饮水，给予孵化期饲料。孵化期饲料应将能量比例适当提高，以保证抱窝鸡整个孵化期不至于过度失重。每天可以在合适时间让抱窝鸡到舍外排便。注意不要强迫性的驱赶，正常情况下抱窝鸡知道什么时候离巢和归巢。整个孵化期为26～28天，于第7～10天和18～21天分别照蛋。第一次照蛋主要是检出无精蛋，第二次照蛋主要是检出中死蛋和检查胚胎发育情况。有的散户对抱窝的鸡巢前不给料，结果外出采食时间过长，导致蛋温下降幅度过大，对胚胎发育不利，甚至造成中死。
孵化期间严禁不良刺激，否则可能导致抱窝鸡因为惊恐离巢不再继续抱窝。
孔雀种蛋用抱窝鸡代孵时，出雏时间有稍提前的情况。
