扁形动物在动物进化史上占有重要地位。从这类动物开始出现了两侧对称和中胚层，动物体结构和机能的进一步复杂、完善和发展，对动物从水生过渡到陆生奠定了必要的基础，此相关的在扁形动物阶段出现了原始的排泄系统和梯式的神经系统等。扁形动物门的主要特征：
（一）两侧对称从扁形动物开始出现了两侧对称的体型，即通过动物体的中央轴，只有一个对称面（或说切面）将动物体分成左右相等的两部分，因此两侧对称也称为左右对称。从动物演化上看，这种体型主要是由于动物从水中漂浮生活进入到水底爬行生活的结果。已发展的这种体型对动物的进化具有重要意义。因为凡是两侧对称的动物，其体可明显的分出前后、左右、背腹。体背面发展了保护的功能，腹面发展了运动的功能，向前的一端总是首先接触新的外界条件，促进了神经系统和感觉器官越来越向体前端集中，逐渐出现丁头部，使得动物由不定向运动变为定向运动，使动物的感应更为准确、迅速而有效，使其适应的范围更广泛。两侧对称不仅适于游泳，又适于爬行。从水中爬行才有可能进化到陆地上爬行。因此两侧对称是动物由水生发展到陆生的重要条件。
（二）中胚层的形成从扁形动物开始，在外胚层和内层胚之间出现了中胚层。中胚层的出现，对动物体结构与机能的进一步发展有很大意义。一方面由于中胚层的形成减轻了内、外胚层的负担，引起了一系列组织、器官、系统的分化，为动物体结构的进一步复杂完备提供了必要的物质条件，使扁形动物达到了器官系统水平。另一方面，由于中胚层的形成，促进了新陈代谢的加强。比如由中胚层形成复杂的肌肉层，增强了运动机能，再加上两侧对称的体型，使动物有可能在更大的范围内摄取更多的食物。同时由于消化管壁上也有了肌肉，使消化管蠕动的能力也加强了。这些无疑促进了新陈代谢机能的加强，由于代谢机能的加强，所产生的代谢废物也增多了，因此促进了排泄系统的形成。扁形动物开始有了原始的排泄系统——原肾管系。又由于动物运动机能的提高，经常接触变化多端的外界环境，促进了神经系统和感觉器官的进一步发展。扁形动物的神经系统比腔肠动物有了显著地进步，已开始集中为梯型的神经系统。此外，由中胚层所形成的实质组织有储存养料和水分的功能，动物可以耐饥饿以及在某种程度上抗干旱，因此，中胚层的形成也是动物由水生进化到陆生的基本条件之一。
（三）皮肤肌肉囊由于中胚层的形成而产生了复杂的肌肉构造，如环肌、纵肌、斜肌。与外胚层形成的表皮相互紧贴而组成的体壁称为“皮肤肌肉囊”，它所形成的肌肉系统除有保护功能外，还强化了运动机能，加上两侧对称，使动物能够更快和更有效地去摄取食物，更有利于动物的生存和发展。
（四）消化系统与一般腔肠动物相似，通到体外的开孔既是口又是肛门，除了肠以外没有广大的体腔。肠是由内胚层形成的盲管，营寄生生活的种类，消化系统趋于退化（如吸虫纲）或完全消失（绦虫纲）。
（五）排泄系统从扁形动物开始出现了原肾管的排泄系统。它存在于这门动物（除无肠目外）所类群。原肾管是由身体两侧外胚层陷入形成的，通常由具许多分支的排泄管构成，有排泄孔通体外。
（六）神经系统扁形动物的神经系统比腔肠动物有显著的进步。表现在神经细胞逐渐向前集中，形成“脑”及从“脑”向后分出若干纵神经索，在纵神经索之间有横神经相连。
（七）生殖系统大多数雌雄同体，由于中胚层的出现，形成了产生雌雄生殖细胞的固定的生殖腺及一定的生殖导管，如输卵管、输精管等，以及一系列附属腺，如前列腺、卵黄腺等。这样使生殖细胞能通到体外，进行交配和体内受精。
