大海洋生态系研究主要包括的内容包括以下几个方面：

（1）大海洋生态系特征和变化原因研究。生态学动态理论是大海洋生态系概念的理论基础。因此，找出影响各个特定系统变化主导因素（如过度开发利用、污染、环境影响和全球气候变化等），并分辨其影响程度是很重要的，其中生产力动态、食物链、补充量、种类替代现象、生物量波动以及物理化学影响的生物学作用都是一些重要的研究课题。
（2）大海洋生态系监测及相应技术的研究。整体研究、长期资料积累和不同时空规模的取样调查是大海洋生态系的主要监测策略。主要监测内容和技术包括：生物资源拖网和声学调查；初级生产力和次级生产力及其环境连续观测；富营养化和环境质量监测。以上监测结果将为生态系统多样性、稳定性、产量、生产力和复原能力提供定量的“健康”指标。
（3）大海洋生态系管理体制可行性研究。大海洋生态系作为一个管理实体，既面向全球又有明显的区域特点，管理体制基本从两个方面考虑：一是从生态学的角度，对不同扰动类型的生态系统采取不同的管理策略。如人工增殖放流被认为是黄海生态系生物资源保护和管理的重要策略，而控制陆源缺氧水输入是波罗的海生态资源管理的重要目标；二是从跨国管理的角度考虑区域性管理体制，管理决策要求简便性和可操作性。

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