E.DI作为电子商务范畴中的一个部分，与普遍意义上的电子商务有着以下区别：
（1）所涉及的对象不同。电子商务所涉及的对象可以是一切可以在Internet上进行的商务活动；EnI所处理的是企业或机构之间的业务活动。
（2）数据处理方式不同。广义上的电子商务的数据通过Internet传输，并由基于Internet的浏览器软件进行处理；EDI的数据通过专线或Internet传输，并由专门的EDI软件进行处理。
（3）信息格式不同。凡是能够通过Internet浏览的数据格式都能够用来实现电子商务；EDI所采用的是按照一定标准组织的结构化信息。
